Faleceu a 24 de Dezembro de 1524 tendo sido sepultado na Igreja de São Francisco (Cochim). Em 1539 os seus restos mortais foram transladados para Portugal, mais concretamente para a Igreja de um convento carmelita, conhecido actualmente como Quinta do Carmo, próximo da Vidigueira. Aqui estiveram até 1880, data em que ocorreu a trasladação para o Mosteiro dos Jerónimos, ficando ao lado do túmulo de Luís Vaz de Camões.
